高技術產業在我國“十一五”以及更長時間內都將發揮非常重要的作用，但無論從我國當前的稅收制度還是從一些相關的稅收政策看，都有制約高技術產業發展的因素存在。我國新一輪稅制改變在即，如何使新的稅制在設計上更有利于高技術產業發展就顯得格外重要。
　　一、當前高技術產業適用的稅收政策存在的問題
　　客觀地說，我國針對促進高技術產業發展出臺了很多相關的稅收優惠政策，這些政策對促進企業特別是外資企業和民營企業的科技創新，推動高科技產業化，發揮了一定的積較作用。但縱觀整個稅制結構和我國的科技稅收政策，仍然存在著一些問題。
　　(一) 增值稅加重了高技術企業發展的負擔
　　我國目前實行的是以流轉稅和所得稅為主體的雙主體稅制結構模式，其中流轉稅收入居于優勢地位(2003年增值稅占國家稅收總量的69%)。但在流轉稅的具體設計中，并沒有考慮高技術產業的一些特點，加重了高技術產業發展的負擔。這樣雖然我國的高技術產業在所得稅上享有了一定的優惠，但是從整體來看，整個高新技術產業的所得稅傾斜政策不能非常大限度地發揮效力。
　　現行增值稅加重了高技術產業的稅收負擔，從一定程度上制約了高技術產業的發展。這主要是因為我國目前實行的是生產型增值稅，高技術產業比一般加工產業資本農業生產體系構成高，而固定資產所含稅款不能抵扣，那么，高技術企業負擔也相對重一些，而且生產型增值稅也不利于高新技術企業適時進行設備更新改造，妨礙企業技術裝備進步。更重要的是，它還在一定程度上形成了對高新技術產品的重復征稅。高新技術產品出口時，不能實現完全退稅，從而削弱了我國高新技術產品的全部競爭能力。此外，與其它產業相比，高技術產業無形資產和開發過程中的智力投入往往占高新技術產品成本的絕大部分，但這些投入并不能抵扣。這也導致了高技術產業增值稅負擔偏重，增加了科技投入的負擔，容易挫傷企業技術創新投入的積較性。
　　(二) 高技術產業的企業所得稅優惠存在著功能缺點
　　我國企業所得稅對內外資企業執行了不同的稅率，外資企業所得稅稅率為15%，內資企業所得稅稅率為33%，內資企業所得稅稅負重于外資企業。具體到高技術產業，內外資企業也存在著不平等現象，如生產型外資企業自盈利之日起，兩年免征企業所得稅，后3年減半征收企業所得稅。購買國產設備投入資金，還可以抵免企業所得稅。但對新辦內資高科技企業，自投產之日起，只能2年內減免企業所得稅。事實上，很多高科技企業很難真實享有到這一優惠，因為高科技項目從研究開發到批量生產，再到開辟市場，其周期一般較長，大多要超過2年。
　　除了內外資企業所得稅的差別外，我國執行的區域性稅收優惠政策也存在著一定的功能缺點。具體表現在高新技術產業開發區、經濟技術開發區和經濟特區，區內企業和區外企業科技稅收優惠政策不一樣，弊病越來越明顯。在區內的企業，有些企業并不是高新技術企業，也享有所得稅的稅收優惠。而某些區外的高技術企業卻享有不到優惠政策支持。
　　(三) 稅收優惠不能充分發揮效果
　　現行科技稅收優惠政策缺乏針對性，優惠政策要點不明確，重產品，輕投入，重成果，輕轉化的現象較為嚴重。
　　1、稅收優惠方式選擇不科學。我國現行的科技稅收優惠主要手段是稅收直接減免，優惠方式單一。稅收直接減免雖然有操作簡便、易為征納雙方把握等優點，但其缺點也是明顯的：一是稅收直接減免只能在一段時期內使用，因而，對于高技術產業發展中持續的創新行為缺乏有效的激勵；二是稅收直接減免一般在高新技術企業成立初期使用，而由高新技術企業成長特點所決定，該階段企業很難或很少獲利，該項政策難以給企業帶來實際利益；三是稅收直接減免，屬于投入資金后的鼓勵，引導企業的作用不顯著，且容易導致稅收流失。
　　2、稅收優惠對象針對性不強。以企業為主而不是以具體的項目為對象，一方面使得一些企業的非技術性收入也享有了優惠待遇，造成稅收優惠泛濫；另一方面使得一些經濟主體的有利于技術進步的項目或行為難以享有稅收優惠，造成政策缺位，較終降低了稅收優惠政策的效果。
　　3、優惠力度偏小。特別是鼓勵企業加大科技投入，促進企業科技創新和高科技產業方面支持力度不夠。例如，我國為了鼓勵企業加強研究開發活動，允許企業研究開發費用按150%的比例扣除，但其適用范圍僅有于研究開發費用比上年實際增長10%以上的盈利企業，且其50%的超額扣除限制為不應超過其應稅所得額。為鼓勵企業加大科技投入，規定研究開發費用的增長幅度是必要的，這也符合多數國家的做法，但優惠只限于盈利在一定規模的企業，大大縮小了優惠范圍。
　　(四) 高技術產業發展中需要稅收政策扶持的領域還存在著一定的政策真空
　　高新技術產業發展的特點是高投入、高風險、高收益。但在稅收政策設計上卻忽略了其風險性。事實上高新技術企業，在創新過程中，面臨著巨大的市場風險、開發風險和技術流失風險等，而當前我國的稅收政策只是對企業技術開發的新產品所帶來的利潤予以一定的稅收減免，對企業用于科研開發的投入資金以及開發過程中可能的失敗，在稅收上沒有給予更多的考慮。
　　二、建立和完善符合WTO
　　規則的高技術產業發展的稅收政策建議
　　(一) WTO條款的一些相關要求
　　通過考察WTO的相關條款，我國高技術產業相關稅收政策需要調整的內容主要有：靠前，世貿籌備烏拉圭回合協定規定：補助金只能用于支持技術開發、地區開發、環境保護等領域，我國目前高新技術企業的稅收優惠主要集中于高新技術產業開發區內企業，具有產業和地域的雙重專項性補貼特征，這違反了反補貼協議的補貼專項性限制原則，我國應逐步改變或廢除現行的按產業分地區進行的稅收優惠政策體制，轉變為分機能、分領域支持的體制。第二，根據WTO關于“國民待遇”的規定，我國的高新技術產業稅收政策還應逐步清理對不同經濟性質的市場主體實行不同稅收待遇的狀況，如對外資、內資企業的不同待遇。第三，我國目前對高技術產業的稅收優惠主要集中于高技術企業本身，也有悖于WTO反補貼協議要求。
　　在對不符合WTO條款進行調整的同時，還應充分利用世貿籌備的有關規則，更好地促進高技術產業發展。主要內容包括：從直接生產環節優惠向研究開發環節優惠轉移；從生產貿易企業優惠向創新和產業化支持體系優惠轉移，建立對商業性研究(產業基礎研究、產業應用研究)、開發高新技術創業企業和創新孵育體系的稅收優惠體系。
　　(二) 完善高技術產業發展的稅收政策建議
　　1、頒布特別法案、規范科技稅收立法
　　我國現有的科技稅收政策，都是通過對一些基本稅收法規的某些條款進行修訂、補充形成的，散見于各類稅收單行法規或稅收文件中，而且很多的優惠政策缺乏長期穩定性。為此，根據我國實際情況，國家應制定《國家高技術產業發展法》，從總體上考慮高技術產業發展戰略以及相關的財稅政策，制定專門的《財政鼓勵高新技術產業發展條例》、《稅收鼓勵高新技術產業發展條例》，其主要內容應包括：研究和判定予以鼓勵的高新技術及其產業標準；明確財稅優惠政策的目標和具體受益對象以及相應的政策支持方式；加強對高技術企業稅收優惠的管理與評效。
　　2、在高技術產業進行增值稅轉型
　　在東北地區實行增值稅轉型的同時考慮在高技術產業也試行生產型增值稅向消費型增值稅的轉型。在增值稅的抵扣中，不僅對一般意義上購置的固定資產支出進行抵扣，而且還應充分考慮高技術研究投入巨大而原材料消耗少的行業特點，同時允許抵扣外購的專利權和非專利技術等無形資產和技術設備的固定資產進項稅金。這樣，既可以減輕企業稅收負擔，促進企業加大科技研究與開發投入。另外，企業研制屬于國家產業政策要點開發的高技術含量、高市場占有率、高附加值、高創匯、高關聯度且對全省乃至全國經濟發展有重要影響的新產品，其繳納的增值稅，可根據不同情況給予一些“先征后返”的照顧。
　　3、完善所得稅優惠政策，鼓勵多種經濟實體加大科技研究與開發投入
　　根據高技術產業發展的特點和需要，改變對不同高技術企業給予不同優惠的行為，有針對性地選取關鍵環節(項目或行為)給予非常大幅度優惠。具體內容包括：
　　(1) 統一內外資企業所得稅，實行國民待遇原則。對從事科技研究與開發的企業給予的所得稅優惠政策，既不應按所有制形式也不應按企業的經營狀況來確定優惠標準。不論內、外資企業，也不論新、深資歷品牌，不論國有、集體、民營企業，不論企業是否盈利，對符合高新技術企業條件的各類企業的研究與開發費用，在初始年度，均可實行據實稅前列支。
　　(2) 為鼓勵企業對科技投入的長期穩定增長，應按較近幾年的平均數來計算增長基數，從鼓勵科技投入持續增長的目的出發，只要5年的平均投入比為每年增長10%以上，均可按150%的比例扣除，未扣除的比例留待下年接轉，接轉不超過5年。
　　(3) 加速折舊優惠。明確規定用于研究開發活動的新設備、新工具可實行雙倍余額遞減法或年數總和法等加速折舊辦法；還可考慮對技術先進的環保設備、國產軟件的購置和風險資本的投入資金實行“期初扣除”的折舊方式，允許在投入資金當年就扣除50%-高標準。這一方面有助于提高投入資金回收速度，另一方面有助于高新技術產品的市場形成。
　　(4) 適時提高高技術企業計稅工資的標準。從全國收入水平的現狀看，高技術企業由于員工的文化水平和素質都較高，所以員工工資普遍偏高。但我國稅法規定的計稅工資標準過低，實際上造成了高科技企業虛增應納稅所得額，增加了企業稅收負擔。所以應允許高新技術企業工資按實列支。
　　4、建立鼓勵風險投入資金稅收優惠政策體系
　　高風險是制約企業擴大科技投入資金的一個非常重要的因素，所以應從稅收角度制定一些優惠政策鼓勵風險投入資金的發展。
　　(1) 直接對高技術產業發展過程中存在的風險因素給予考慮。建立科技開發準備金制度并允許費用列支，允許企業特別是有科技發展前景的中小企業，按其銷售收入一定比例提取科技開發設立資金，以彌補科技開發可能造成的損失，并規定準備金必須在規定時間內用于研究開發，技術更新和技術培訓等與科技進步的方面，對逾期不用或挪作他用的，應補繳稅款并加罰滯納金。
　　(2) 制定有關風險投入資金的稅收傾斜政策，鼓勵風險投入資金機制的建立。一方面，對風險投入資金公司投入資金高新術企業的風險投入資金收入免征營業稅，并對其長期實行較低的所得稅率；另一方面，對法人投入資金于風險投入資金公司獲得的利潤減半征收企業所得稅，對居民投入資金于風險投入資金公司獲得的收入免征或減征個人所得稅；較后，對企業投入資金高新技術獲得利潤再用于高新技術投入資金的，不論其經濟性質如何，均退還其用于投入資金部分利潤所對應的企業所得稅。
　　5、加強科技人才培養，穩定科研隊伍，為高技術發展所需人力資本提供支持。高技術產業的發展說到底，就是人才與技術的競爭。因此，稅收政策應推動包括學校教育、成年人教育和員工培訓等多種形式的教育的發展。制定鼓勵民間辦學、社會捐資辦學的稅收政策，對社會各界向教育培訓機構和科研機構的捐贈準許不受較高捐贈限額限制。提高職工教育經費提取比例，鼓勵企業加大教育培訓的政策。此外，優惠政策適度向個人傾斜，要點是完善高新技術企業人員的個人所得稅政策，進一步修訂個人所得稅政策，在基礎扣除里，充分考慮現代家庭對教育的投入因素、科技人員科技成果轉化的積較性等，鼓勵個人加大對教育的投入資金和多途徑進行科技成果轉化。